La CCONG cuenta con una Asamblea General de socios que se reúne ordinariamente una vez al año. Es la Asamblea la que aprueba los Estatutos, el Informe de Actividades y el Informe Financiero anual.
La Asamblea designa un Consejo Directivo Nacional de once miembros, que establece las líneas de acción y formula el Plan de Trabajo.
Para su ejecución, nombra una Dirección Ejecutiva.
Consejo Directivo de marzo 2010 a marzo 2012
Por las federaciones
Antioquia - Mauricio Cadavid Restrepo
Caldas - Patricia Escobar
Por las asociaciones / corporaciones
Asociación de Fundaciones Petroleras - Pilar Hernández
Corporación Viva la Ciudadanía - Rubén Fernández Andrade
Por las ONG nacionales
Corporación Dominicana Opción Vida, Justicia y Paz - Mauricio Cortés
Corporación Nuevo Arco Iris - León Valencia Agudelo
Federación Nacional de Cafeteros de Colombia - María Fernanda Concha
Fundación Sánitas Internacional
Fundación Social - Magda Tamayo
Fundación Mario Santo Domingo - Pablo Gabriel Obregón
Corporación Minuto de Dios - Ernesto Peláez
Presidente
Mauricio Cadavid Restrepo
Vicepresidente
María Fernanda Concha Escobar
Representante legal y Directora Ejecutiva
Liliana Patricia Rodríguez Burgos